После анонса операционной системы Windows 10 S возникло недопонимание относительно того, будут ли в ней работать дистрибутивы Linux. Первоначально Microsoft сказала, что в системе будет работать всё содержимое магазина Windows Store. Теперь в магазине были анонсированы дистрибутивы Linux Ubuntu, Fedora и SUSE, поэтому Microsoft пришлось высказаться дополнительно.
Согласно статье в блоге разработчиков Microsoft, дистрибутивы Linux на Windows 10 S работать не будут. Наличие приложений в магазине не означает автоматически, что они достаточно безопасны и пригодны для запуска на Windows 10 S. В число непригодных попадают некоторые браузеры, оболочки, консоли и приложения для работы с командной строкой.
Windows 10 S предназначается для пользователей с минимальным уровнем технических знаний, которым не нужна командная строка или прочие низкоуровневые функции операционной системы, вроде реестра. Таким пользователям нужен простой, безопасный и быстрый компьютер. На основе подобных рассуждений Microsoft запретила устанавливать программы из-за пределов магазина Windows Store. Хотя в этом магазине будут дистрибутивы Linux, Windows 10 S не поддерживает подсистему Linux на Windows (WSL). Microsoft рассматривает дистрибутивы Windows как инструменты для работы с командной строкой, которые нежелательны на платформе универсальных приложений Windows. Они работают за пределами песочницы универсальных приложений и безопасной среды исполнения.
Таким образом, на Windows 10 S в данный момент отсутствуют приложения iTunes, Chrome, программы пакета Adobe Creative Suite, такие как Photoshop, Acrobat, Fireworks. Выходом является обновление до Windows 10 Pro, которое может выполнить любой желающий.